Nhằm khắc phục kịp thời hậu quả sau mưa lũ, ngày 17/11/2008 Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 1659/QĐ-TTg về việc trích 310 tỷ đồng từ nguồn dự phòng ngân sách Trung ương năm 2008 cho 18 địa phương nhằm hỗ trợ nông dân mua giống khôi phục sản xuất, sửa chữa cơ sở hạ tầng thiết yếu như trường học, trạm y tế, thủy lợi, giao thông nông thôn, vệ sinh môi trường và phòng, chống dịch bệnh...

18 địa phương được hỗ trợ bao gồm: Hà Nội 40 tỷ đồng, Ninh Bình 35 tỷ đồng, Nghệ An 25 tỷ đồng, Hòa Bình 10 tỷ; 20 tỷ đồng cho mỗi tỉnh là Hưng Yên, Hà Nam, Thái Bình, Bắc Giang. Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Thanh Hóa, Hải Dương, Hà Tĩnh, Bắc Ninh, Nam Định mỗi tỉnh 15 tỷ đồng. 3 tỉnh Lạng Sơn, Bắc Kạn và Thái Nguyên mỗi tỉnh 5 tỷ đồng. Bên cạnh đó, 45 tấn hạt giống rau từ nguồn Dự trữ quốc gia cũng sẽ được xuất cấp (không thu tiền) đến 13 địa phương để phục hồi sản xuất. Trong đó: Hà Nội 10 tấn, Vĩnh Phúc 7 tấn, Nghệ An 5 tấn, Ninh Bình 3 tấn, Hưng Yên 3 tấn, Thanh Hóa 3 tấn. Các tỉnh: Hà Nam, Phú Thọ, Hải Dương, Bắc Giang, Hà Tĩnh, Hòa Bình và Bắc Ninh mỗi tỉnh 2 tấn.

Ngoài ra, Thủ tướng Chính phủ cũng quyết định cấp hỗ trợ (không thu tiền) 5.400 tấn gạo từ nguồn Dự trữ quốc gia, nhằm hỗ trợ các địa phương cứu đói kịp thời cho nhân dân bị thiệt hại do mưa lũ.